W ocenie Wiktora Szmulewicza, prezesa Krajowej Rady Izb Rolniczych nowe prawo wodne oznacza dla rolników dodatkowe koszty i uciążliwości, ponieważ wprowadza ono opłaty za pobór wody, które obejmą też rolników i hodowców ryb, a także nowe regulacje dotyczące ograniczania odpływu azotu ze źródeł rolniczych. Farmerzy będą zmuszeni dłużej przechowywać nawozy organiczne, jak obornik czy gnojówkę, co pociągnie za sobą kosztowne inwestycje sięgające przynajmniej 754 mln zł. Zdaniem prezesa KRIR pozytywną rzeczą wprowadzenia tego prawa może być jedynie to, że będziemy bardziej dbać o wodę, a do gleby będzie się dostawało mniej szkodliwych dla środowiska substancji. Polskie rolnictwo zużywa ok. 10 proc. wody. Nowe przepisy przewidują opłaty za pobór wody do celów rolniczych, np. na potrzeby zaopatrzenia w wodę ludzi i zwierząt gospodarskich czy nawadniania gruntów i upraw, a także za odprowadzanie ścieków do ziemi lub do wody. Opłaty obejmą także, jak wspomniano wyżej, hodowców ryb. Za wodę nie będą płacić ci rolnicy, którzy zużywają mniej niż 5 tys. litrów w ciągu doby. Istotną zmianą jest również to, że dotychczas korzystanie z wody dla celów rolniczych nie wymagało zezwoleń na studnie – teraz rolnik będzie musiał to zgłosić, założyć licznik, który wskaże, ile tej wody bierze, i wnieść za nią opłaty (dotyczy to również producentów ryb, właścicieli stawów).
Dyrektywa azotanowa, która jest częścią prawa wodnego, ma na celu ograniczenie dostawania się azotanów do rzek, za co odpowiadają przede wszystkim rolnicy. W nadmiernej ilości są one szkodliwe dla środowiska. Zmienią się m.in. przepisy dotyczące przechowywania obornika i gnojowicy. Dotychczas na terenie większości kraju rolnicy mieli obowiązek przechowywania przez 4 miesiące, a dłuższy okres dotyczył tylko obszarów szczególnie narażonych na zanieczyszczenia azotu ze źródeł rolniczych. Teraz praktycznie w całym już kraju obowiązuje 6-miesięczny okres, co wiąże się z dodatkowymi obciążeniami finansowymi, ponieważ rolnicy będą musieli wybudować płyty obornikowe i zbiorniki na gnojowice. Ustawodawcy oceniali szacunkowy koszt ich budowy na 754,7 mln zł, a wydatki będą dotyczyć 355 tys. gospodarstw, czyli średni koszt inwestycji to nieco ponad 2,2 tys. z KRIR oblicza jednak, że są to koszty zaniżone, nawet kilkukrotnie niedoszacowane. Takich wydatków nie będzie w stanie ponieść bez pomocy państwa większość gospodarstw rolnych. KRIR ostrzega też, że nowe przepisy mogą naruszać zasady konkurencyjności. Wymogi stawiane polskim rolnikom są bowiem wyższe niż te nałożone na rolników w innych krajach Unii Europejskie ze względu na to, że prawie cały kraj został objęty obszarem szczególnie narażonym na zanieczyszczenia azotu ze źródeł rolniczych.
