W przypadku maliny, zapobieganie chorobie polega przede wszystkim na wycinaniu silnie porażonych pędów, co jest szczególnie istotne zwłaszcza po zbiorze owoców. Należy zwracać także uwagę na racjonalne stosowanie nawozów azotowych, gdyż rośliny przenawożone tym składnikiem są znacznie bardziej podatne na chorobę. Badania wykazały, że ochronę przed szarą pleśnią wspomagają zabiegi nawożenia z wykorzystaniem produktów o działaniu fungistatycznym, a więc tych, które zawierają np.: chlorowodorek chitozanu, chitozan, fosfor i potas). Wskazane jest również nawadnianie kropelkowe (deszczowanie stwarza bowiem dobre warunki do rozwoju choroby).
W przypadku borówki, działania zapobiegawcze, poza usuwaniem porażonych pędów, ograniczaniem nawożenia azotowego, stosowaniem produktów o działaniu fungistatycznym opierają się także o używanie zdrowego materiału nasadzeniowego, prawidłowe przeprowadzanie cięcia prześwietlającego (którego celem jest uzyskanie dobrego przewietrzenia pędów i unikanie ich zbędnego zagęszczania) oraz szybkie schładzanie owoców po zbiorze.
W przypadku porzeczek zapobieganie szarej pleśni także opiera się o ograniczanie zachwaszczenia plantacji; odpowiednie nawożenie azotowe, stosowanie produktów o działaniu fungistatycznym, wiosenne usuwanie z plantacji starszych pędów i szybkie schładzanie owoców po zbiorze. Należy również pamiętać o tym, że decydując się na instalację systemu nawadniającego, preferowane jest nawadnianie kropelkowe. W przypadku konieczności wykonania zabiegów zwalczających wspomniane choroby wykaz preparatów przeznaczonych do opryskiwania krzewów w systemie integrowanej produkcji czy systemie eko dostępny jest m.in. w programach ochrony roślin sadowniczych.
